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경제

다주택자 양도세 중과세 사각지대 ‘조정대상지역 등록임대아파트 혜택’ 없어진다 [도와줘요 자산관리]

지난 8월 3일 정부는 2026년 세제 개편안을 발표했다. 특히 주택에 대한 세제 개편 내용이 시장에 큰 충격을 주고 있다. 내용을 간략히 요약해 보면 거주주택에 대한 세제혜택은 유지·강화하면서, 고가·비거주 주택과 다주택자에 대한 혜택을 축소했다.

도와줘요 자산관리

지난 8월 3일 정부는 2026년 세제 개편안을 발표했다. 특히 주택에 대한 세제 개편 내용이 시장에 큰 충격을 주고 있다. 내용을 간략히 요약해 보면 거주주택에 대한 세제혜택은 유지·강화하면서, 고가·비거주 주택과 다주택자에 대한 혜택을 축소했다. 이는 주택시장을 ‘보유’에서 ‘실거주’ 중심으로 개편하겠다는 정부의 의지가 반영된 것으로 보인다.

특히 이번 세제 개편안의 내용에서 주목할 부분은 다주택 등록임대사업자의 세제혜택을 단계적으로 축소·폐지하고, 동시에 과거 신축주택, 미분양주택 등 양도세 감면 주택에 대한 세제혜택을 단계적으로 폐지한다는 점이다. 따라서 다주택자가 여분의 등록임대주택을 정해진 기한 내 처분하지 않을 경우 앞으로 조세부담이 가중될 수 밖에 없다. 그렇다면 이번 세제 개편안에 담겨 있는 내용 중 등록임대주택 등 양도세 과세혜택 축소·폐지에 어떤 내용을 담고 있는지 살펴보자.

이번 세제 개편안은 조정대상지역 내 등록임대아파트가 기한 없이 양도세 중과세율 적용이 배제되면서 장기보유특별공제(장특공제)도 유대율(50%)이 적용된다는 점에 대해 칼을 들었다. 정부는 2026년 12월 31일까지 의무임대기간이 종료되어 자동 말소된 등록임대아파트는 2027년 12월 31일까지 처분해야만 양도세 중과 배제 및 현행 50%의 장특공제 우대율을 기존과 같이 유지되도록 했다.

2028년에 등록임대아파트를 처분한다면 다주택자 양도세 중과세율의 50%(+10% 또는 +15%)만 적용하며, 장특공제율은 30%로 축소된다. 2029년 이후에 처분한다면 일반적인 양도소득세 중과세율이 적용되며 장특공제를 적용하지 않을 예정이다.

즉, 2029년부터 조정대상지역 내 등록임대아파트는 중과세 배제가 전면 폐지되어 일반 다주택자와 동일한 기준으로 과세가 된다고 보면 된다.

다만 등록임대아파트가 2027년 1월 1일 현재 의무임대가 진행 중이거나 소재지가 조정대상지역으로 새로이 지정된 경우, 그리고 재건축·재개발이 진행 중인 경우에는 주택처분에 제약이 있으므로 다음의 기산일(①의무임대종료일, ②지정공고일, ③이전고시일)중 가장 늦은 날로부터 1년 이내 처분하면 개정 전과 같은 혜택이 적용된다.

만약 말소된 등록임대주택을 1년 이내 처분하지 못했으나 2년 이내에 처분한다면 중과세율의 1/2을 적용하고 장특공제 우대율 30%를 적용한다. 그러므로 등록임대아파트를 보유한 다주택자의 경우에는 해당 기간을 꼼꼼히 확인하여 세금이 가중되는 것을 피해야 한다.

정부는 이번 세제 개편안을 통해 과거 특정 시기에 부동산 경기 활성화를 목적으로 도입되었던 신축주택 및 미분양주택 취득자에 대한 감면· 과세특례 제도의 유효기한을 정했다. 과거 1990년대 후반에서 2000년대 초반 사이 취득한 것으로 조세특례제한법상 장기임대주택(조특법§97)·신축임대주택(조특법§97의2)·미분양주택(조특법§98)이 여기에 해당한다. 세제 개편안에 따르면 해당 주택이 수도권에 소재한 아파트일 경우에는 2029년 12월 31일까지 양도해야 기존과 같은 세제혜택을 받을 수 있으며, 그 외 주택은 2031년 12월 31일까지 양도해야 기존과 같은 세제혜택을 받을 수 있다.

한편 정부는 상생임대주택에 대한 혜택에 기한을 정했는데, 원래 상생임대주택은 임대료 및 임대시기 요건을 만족하면 어느 시기에 처분하더라도 거주요건 면제혜택을 적용했으나 이번 세제 개편안을 보면 2027년 12월 31일까지 양도해야만 2년 거주면제 혜택을 부여하기로 했다. 다만 27년 1월 1일 현재 상생임대차계약이 진행 중인 경우라면 계약종료 후 1년이 되는 날과 29년 12월 31일 중 빠른 날까지 양도하면 동일한 혜택을 부여한다.

지금까지 내용은 아직 개정된 내용은 아니지만 정부에서 공식적으로 발표한 자료로 그 내용에 큰 변화가 없을 것으로 보인다. 보통 아파트를 주택임대사업자로 등록하는 이유가 임대료를 시세만큼 받지 못하는 불이익을 감수하더라도 의무임대기간 이후 얻게 되는 세제혜택을 통해 자본이득을 올릴 수 있기 때문이다.

하지만 이번 세제 개편안에 따르면 조정대상지역 내 등록임대아파트는 일정기한 내 처분히자 않을 경우 세제혜택을 받지 못하도록 한다. 따라서 조정대상지역 내 등록임대아파트를 보유한 다주택자라면 이번 세제 개편안을 미리 숙지하고, 전문가와 함께 절세 계획을 세워나갈 필요가 있어 보인다.

이창언 NH농협은행 WM사업부 WM컨설팅팀 세무전문위원

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